Eso suena fatal, a veces cuando se apaga cuando te paras, por ejemplo en un semaforo, suele ser el regulador de tensión.
A no ser que se haya roto algo más, parece que la regulación de válvulas está mal hecha y el pistón está golpeando alguna de las válvulas, por eso ese clock que se oye, no arranques más la moto porque podrías doblar o romper esa o esas válvulas.
