Pues es algo normal cuando no se saben o no se respetan los pares de apriete correspondientes. O no se hace como se debe, a veces las cosas parecen fáciles pero hay que investigar antes de ponerse, pero vamos un mecánico debería saberlo.
En este caso pasa que al apretar el piñón con la pistola neumática o con cualquier medio (incluso a veces a mano si se usa un brazo de palanca largo), que se pase del par de apriete adecuado, estas "tirando" del eje secundario para fuera, hacia el piñón, con lo cual las horquillas con las que al tu mover la palanca de cambio esta actúan sobre los sincronizados de los ejes primario y/o secundario (en motos normalmente en el secundario, el del piñón), no lo van hacen en el lugar correspondiente, aunque sean unas micras, porque al apretar de más has tirado del eje hacia afuera, y eso puede dar lugar a lo que os está pasando, que no es más que fallo en el sincronismo del cambio, por eso entran algunas marchas duras o otras hacen ruído.
Solución si nadie sabe el par de apriete, es averiguarlo con una dinamométrica antes de soltar nada, o bien apretar hasta que no quede holgura y parar, algunos piñones incluso van flotantes con tuercas blocantes para no ejercer presión sobre el eje secundario.
Podéis haceros una idea de lo que os digo en la foto adjunta.
Espero haber sido de ayuda.
Saludos cordiales.